医学微生物组与组学分析项目

该项目集成了多个医学微生物组学与组学分析相关的子模块，涵盖从样本采集到数据分析的完整流程，主要用于研究微生物与人类健康的关系。

目录: Hormo-Micro/ 内容: 收集了150名健康女性在五个关键生殖阶段（卵泡期、黄体期、早孕期、哺乳期、绝经期）的阴道样本16S rRNA测序数据，每个阶段各30个样本。 应用: 用于研究女性性腺激素水平变化与阴道微生物群落结构动态变化的相互关系。

目录: LBC_M_RNAseq/ 内容: 完整的RNAseq分析流程文档和相关数据，包括数据质量控制与预处理、差异表达基因分析、GO富集分析、通路分析等。 主要文件: 01-analysis.md (详细的分析流程说明)

目录: VMGC/ 内容: 包含多种类型的微生物基因组数据，分为五个主要部分：

• VMGC_eukaryocyte: 真核生物基因组数据
• VMGC_prokaryote_MAG: 原核生物宏基因组组装基因组(MAG)
• VMGC_prokaryote_SGB: 原核生物物种水平基因组分组(SGB)
• VMGC_prokaryote_SGB_KrakenDB: Kraken数据库格式的SGB数据
• VMGC_virus: 病毒基因组数据 特点: 每个基因组都包含完整的质量评估信息（如基因组完整性、污染率、N50长度等）。

目录: SpeculumAnalysis/ 内容: 阴道镜检查图像数据集，包括原始图像、标记图像和旋转校正后的图像。 应用: 可用于医学图像分析、模式识别和人工智能辅助诊断研究。

目录: isbi2025-ps3c-test-dataset/ 内容: ISBI 2025 PS3C竞赛测试数据集，包含19组(编号1-19)共18159张PNG图像文件。 应用: 可用于医学图像分析、模式识别和人工智能辅助诊断研究，特别是针对ISBI 2025 PS3C竞赛任务。

• 1.py: 文献爬取与自动翻译工具，支持将英文参考文献翻译为中文
• gitee.py: Gitee API调用工具
• qianfan.py: 百度千帆翻译API调用工具
• zhipu.py: 智谱API调用工具
• install_gpg_keys.sh: GPG密钥安装与配置脚本，用于开发环境配置

• 生物信息学技术: 16S rRNA测序、宏基因组学、转录组学
• 编程语言: Python 3.x
• 核心工具: Kraken2、FastQC、Trimmomatic、HISAT2、StringTie、DESeq2、GOseq
• API服务: 百度千帆翻译API、智谱AI API

1. 数据使用: 各子模块目录均包含详细的README或说明文档，请先阅读后再使用数据
2. 分析流程: LBC_M_RNAseq目录提供了完整的RNAseq分析流程，可直接参考或修改使用
3. 辅助工具: 辅助脚本均可直接运行，部分工具需要配置API密钥
4. 基因组数据: VMGC目录的.info文件提供了详细的基因组质量信息，可用于筛选高质量基因组

• 项目创建时间: 2025年
• 最新更新: 2025年12月